מחלקת הקירור בפרי מטולה מטפלת בכ- 15,000 טון פרי העובר בפרי מטולה מדי שנה.
הפרי שמגיע מהשטח מאוחסן בחדרי הקירור השונים המתחלקים לשני סוגים עיקריים:
קירור אוויר מבוקר (CA)
קירור באווירה מבוקרת מאפשר לחקלאים לשווק את תוצרתם במשך כל השנה. בסוג קירור זה ניתן לאסם ולקרר אגסים, תפוחים, שזיפים ורימונים הנקטפים בחודשי הקיץ. לפני שהפרי מאוחסן בקירור הוא עובר תהליך של בקרת פרי (בדיקות איכות, בדיקות לחצים, בדיקות עמילן ועוד) עד לכניסתו לחדרי הקירור שם בתהליך של הורדת אחוז החמצן בחדר והעלאת אחוזי דו תחמוצת הפחמן נשמרת טריות המוצר ואיכותו.
קירור קצר
בקירור לתקופה קצרה, מאוחסנים ומקוררים יתר הפירות שלא נכנסו לחדרי קירור באווירה מבוקרת.
בפרי מטולה קיימת מערכת בר קוד, שהיא למעשה מערכת זיהוי יעילה אשר הוקמה לשם זיהוי ומעקב מדויקים אחר תנועת התוצרת לכל אורך שרשרת הפעילות. כך שברגע שמגיע פרי מונפקת מדבקת בר קוד אשר מהווה למעשה מעין "תעודת זיהוי".